سال ۱۳۲۱ جمعی از معتمدان و خیران جامعه یهودی تهران با کمک چند پزشک یهودی، درمانگاهی کوچک در محل کنیسه "ملا حنینا" در ضلع شرقی محله سنتی کلیمیان تهران در محله اودلاجان ساختند.

روزهای اول فعالیت درمانگاه، مراجعان عموماً مادران یهودی بودند که فرزندان خود را به دلیل آلودگی آب آشامیدنی و بدی تغذیه با علائم استفراغ و اسهال در بغل گرفته بودند و انتظار دارو و غذا داشتند تا اینکه تعداد مراجعان هر روز بیشتر شد و بیماران غیریهودی ساکن اطراف محله نیز به مراجعه‌کنندگان افزوده شدند.

هارون یشایایی، ریئس سابق بیمارستان سپیر، تاریخچه این بیمارستان را نقل می‌کند: «هئیت مدیره کانون خیرخواه و پزشکان همکار، تصمیم گرفتند اولویت کار خود را مبارزه با تیفوس قرار دهند. پس از فروکش کردن همه‌گیری تیفوس، از سال ۱۳۲۴ موضوع گسترش درمانگاه، تاسیس بیمارستان در هئیت مدیره کانون خیرخواه مطرح و اقدام های لازم برای اجرای آن انجام شد. توسعه درمانگاه و احداث بیمارستان، واقعه ای مهم در تاریخ زندگی یهودیان تهران است. من سی سال رئیس هیات امنای این بیمارستان بودم، از اردیبهشت ١٣٥٦ تا ۳۰ سال بعد از انقلاب تا وقتی‌که دیگر بازنشسته شدم. این بیمارستان یک هویت فرامذهبی دارد. بیمارستان در سال‌های سخت جنگ جهانی دوم ساخته شد، در یک واحد بسیار کوچک.

من آن زمان شاید هفت یا هشت سال بیشتر نداشتم. به یاد دارم که جوان‌ها را برای گندزدایی و مبارزه با تیفوس می‌بردند و دِدِتِ می‌دادند و در خانه‌ها پخش می‌کردند. جالب است بدانید که در سال ١٣٢١ که بیمارستان تاسیس می‌شود در اساسنامه می‌نویسند این بیمارستان به‌وسیله جامعه کلیمی ایران برای مداوای همه مراجعین فارغ از هر مذهبی که دارند، ساخته می‌شود. این اساسنامه همچنان وجود دارد. بیمارستان از این جهات دارای اهمیت بود و با کمک‌هایی که می‌شد، گسترش پیدا کرد؛ اما مخصوصا در جریان انقلاب و نیز بعد از انقلاب اهمیت این بیمارستان بیشتر شد. در آن روزگار دو دسته وجود داشت؛ در یکی از داستان‌هایم به نام «شبی به درازای یک‌ عمر» به آن اشاره‌کرده‌ام که مرا همراه رئیس بیمارستان گرفته بودند.

عده‌ای قصد داشتند بیمارستان را از دست جامعه یهودی دربیاورند و تصرف کنند. همه کسانی که قصد تصرف بیمارستان را داشتند، از جاهای دیگر می‌آمدند و در داستان هم آورده‌ام که هر گروه می‌خواستند اسم بیمارستان را عوض کنند و خود بچه‌های محله می‌آمدند و آنها را در مواردی بیرون می‌کردند. البته ناگفته نماند که حمایت‌های رئیس کمیته آن زمان که آیت‌الله مهدوی‌کنی بود، بسیار مهم بود، چراکه اهل آن محل بود و خود او مدتی در این بیمارستان بستری بود و شناخت کافی روی بیمارستان داشت. بیمارستان دکتر سپیر یک واحد مهمی است که توسط خیران و حمایت مالی آنها اداره می‌شود. بیمارستان پرهزینه و روزبه‌روز هم بر این هزینه‌ها افزوده می‌شود، اما هزینه دریافتی از بیماران ناچیز است. بعد از گذشت ۸۰ سال از ساخت و فعالیت این بیمارستان تنها یک درصد از مراجعه کنندگان آن کلیمیان و بیشتر بیماران این مرکز دیگر ساکنان این محدوده هستند و این موضوع نشان از وحدت، دوستی و زندگی مسالمت‌آمیز بین آنها می‌دهد.»