او در گفتگو با روزنامه گل اعتقاد دارد که تیم ملی تحت هدایت یک باند ۴ نفره رفتار می کند و بازیکنان این تیم بعضا با غرور و خودخواهی خودشان را بهترین های تاریخ فوتبال ایران می دانند.

مرتضی فنونی زاده سپس به انتقاد از امیر قلعه نویی پرداخته و می گوید او را هم غرور و تکبر برداشته است، درباره او مرور یک خاطره خالی از لطف نیست، یک بار من از علی پروین خواستم تا او را به پرسپولیس بیاورد و او هم قلعه نویی را برای تمرینات خواست اما بعد از یک جلسه تمرین گفت مرتضی او برود جایی که بازی به او برسد، او به تیم استقلال رفت و در آن جا ستاره شد، شاید اگر قلعه نویی در پرسپولیس می ماند اصلا به او بازی نمی رسید، بنابراین باید بگویم علی پروین به او محبت کرد که او را برای پرسپولیس نخواست.

فنونی‌زاده ادامه می دهد، استقلال آن قدر اسطوره و ستاره داشت که جای او اصلا در سمت مربیگری استقلال نبود اما او هم توان و زرنگی های خاصی دارد که باعث شد تا هدایت استقلال و تیم ملی فوتبال کشورمان را عهده دار شود اما او در این مسئولیت به نظرم کارآیی بیشتری با این کادر فنی ندارد.

مرتضی فنونی زاده درباره عملکرد امروز تیم پرسپولیس هم گفت با یک برد برابر تیم قطر پرسپولیس از بحران خارج خواهد شد و من تصور می کنم پرسپولیس می تواند اولین برد خود را در این مسابقات تجریه کند.